{ "cells": [ { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "# XMM-LSS master catalogue\n", "## Preparation of Spitzer datafusion SWIRE data\n", "\n", "The Spitzer catalogues were produced by the datafusion team are available in `dmu0_DataFusion-Spitzer`.\n", "Lucia told that the magnitudes are aperture corrected.\n", "\n", "In the catalouge, we keep:\n", "\n", "We keep:\n", "- The internal identifier (this one is only in HeDaM data);\n", "- The position;\n", "- The fluxes in aperture 2 (1.9 arcsec) for IRAC bands.\n", "- The Kron flux;\n", "- The stellarity in each band\n", "\n", "A query of the position in the Spitzer heritage archive show that the ELAIS-N1 images were observed in 2004. Let's take this as epoch.\n", "\n", "We do not use the MIPS fluxes as they will be extracted on MIPS maps using XID+." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "This notebook was run with herschelhelp_internal version: \n", "33f5ec7 (Wed Dec 6 16:56:17 2017 +0000)\n" ] } ], "source": [ "from herschelhelp_internal import git_version\n", "print(\"This notebook was run with herschelhelp_internal version: \\n{}\".format(git_version()))" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "%matplotlib inline\n", "#%config InlineBackend.figure_format = 'svg'\n", "\n", "import matplotlib.pyplot as plt\n", "plt.rc('figure', figsize=(10, 6))\n", "\n", "from collections import OrderedDict\n", "import os\n", "\n", "from astropy import units as u\n", "from astropy.coordinates import SkyCoord\n", "from astropy.table import Column, Table\n", "import numpy as np\n", "\n", "from herschelhelp_internal.flagging import gaia_flag_column\n", "from herschelhelp_internal.masterlist import nb_astcor_diag_plot, remove_duplicates\n", "from herschelhelp_internal.utils import astrometric_correction, flux_to_mag" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [], "source": [ "OUT_DIR = os.environ.get('TMP_DIR', \"./data_tmp\")\n", "try:\n", " os.makedirs(OUT_DIR)\n", "except FileExistsError:\n", " pass\n", "\n", "RA_COL = \"swire_ra\"\n", "DEC_COL = \"swire_dec\"" ] }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "## I - Column selection" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 4, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [], "source": [ "imported_columns = OrderedDict({\n", " 'internal_id': \"swire_intid\",\n", " 'ra_spitzer': \"swire_ra\",\n", " 'dec_spitzer': \"swire_dec\",\n", " 'flux_ap2_36': \"f_ap_swire_irac_i1\",\n", " 'uncf_ap2_36': \"ferr_ap_swire_irac_i1\",\n", " 'flux_kr_36': \"f_swire_irac_i1\",\n", " 'uncf_kr_36': \"ferr_swire_irac_i1\",\n", " 'stell_36': \"swire_stellarity_irac_i1\",\n", " 'flux_ap2_45': \"f_ap_swire_irac_i2\",\n", " 'uncf_ap2_45': \"ferr_ap_swire_irac_i2\",\n", " 'flux_kr_45': \"f_swire_irac_i2\",\n", " 'uncf_kr_45': \"ferr_swire_irac_i2\",\n", " 'stell_45': \"swire_stellarity_irac_i2\",\n", " 'flux_ap2_58': \"f_ap_irac_i3\",\n", " 'uncf_ap2_58': \"ferr_ap_irac_i3\",\n", " 'flux_kr_58': \"f_irac_i3\",\n", " 'uncf_kr_58': \"ferr_irac_i3\",\n", " 'stell_58': \"swire_stellarity_irac_i3\",\n", " 'flux_ap2_80': \"f_ap_irac_i4\",\n", " 'uncf_ap2_80': \"ferr_ap_irac_i4\",\n", " 'flux_kr_80': \"f_irac_i4\",\n", " 'uncf_kr_80': \"ferr_irac_i4\",\n", " 'stell_80': \"swire_stellarity_irac_i4\",\n", " })\n", "\n", "\n", "catalogue = Table.read(\"../../dmu0/dmu0_DataFusion-Spitzer/data/DF-SWIRE_XMM-LSS.fits\")[list(imported_columns)]\n", "for column in imported_columns:\n", " catalogue[column].name = imported_columns[column]\n", "\n", "epoch = 2004\n", "\n", "# Clean table metadata\n", "catalogue.meta = None" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 5, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stderr", "output_type": "stream", "text": [ "/opt/herschelhelp_internal/herschelhelp_internal/utils.py:76: RuntimeWarning: invalid value encountered in log10\n", " magnitudes = 2.5 * (23 - np.log10(fluxes)) - 48.6\n" ] } ], "source": [ "# Adding magnitude and band-flag columns\n", "for col in catalogue.colnames:\n", " if col.startswith('f_'):\n", " errcol = \"ferr{}\".format(col[1:])\n", " \n", " magnitude, error = flux_to_mag(\n", " np.array(catalogue[col])/1.e6, np.array(catalogue[errcol])/1.e6)\n", " # Note that some fluxes are 0.\n", " \n", " catalogue.add_column(Column(magnitude, name=\"m{}\".format(col[1:])))\n", " catalogue.add_column(Column(error, name=\"m{}\".format(errcol[1:])))\n", " \n", " # Band-flag column\n", " if \"ap\" not in col:\n", " catalogue.add_column(Column(np.zeros(len(catalogue), dtype=bool), name=\"flag{}\".format(col[1:])))\n" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 6, "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "<Table masked=True length=10>\n", "
idx | swire_intid | swire_ra | swire_dec | f_ap_swire_irac_i1 | ferr_ap_swire_irac_i1 | f_swire_irac_i1 | ferr_swire_irac_i1 | swire_stellarity_irac_i1 | f_ap_swire_irac_i2 | ferr_ap_swire_irac_i2 | f_swire_irac_i2 | ferr_swire_irac_i2 | swire_stellarity_irac_i2 | f_ap_irac_i3 | ferr_ap_irac_i3 | f_irac_i3 | ferr_irac_i3 | swire_stellarity_irac_i3 | f_ap_irac_i4 | ferr_ap_irac_i4 | f_irac_i4 | ferr_irac_i4 | swire_stellarity_irac_i4 | m_ap_swire_irac_i1 | merr_ap_swire_irac_i1 | m_swire_irac_i1 | merr_swire_irac_i1 | flag_swire_irac_i1 | m_ap_swire_irac_i2 | merr_ap_swire_irac_i2 | m_swire_irac_i2 | merr_swire_irac_i2 | flag_swire_irac_i2 | m_ap_irac_i3 | merr_ap_irac_i3 | m_irac_i3 | merr_irac_i3 | flag_irac_i3 | m_ap_irac_i4 | merr_ap_irac_i4 | m_irac_i4 | merr_irac_i4 | flag_irac_i4 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
deg | deg | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | uJy | ||||||||||||||||||||||||||
0 | 2719467 | 34.440117 | -6.445593 | nan | nan | nan | nan | nan | 23.38 | 2.35 | 30.88 | 2.97 | 0.62 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 20.4778887329 | 0.109130884567 | 20.1758067708 | 0.104424758035 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
1 | 2719468 | 34.442707 | -6.444653 | nan | nan | nan | nan | nan | 15.9 | 2.25 | 18.84 | 2.34 | 0.51 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 20.8965071892 | 0.153641915768 | 20.7122977539 | 0.134852585941 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
2 | 2719634 | 34.436877 | -6.439533 | nan | nan | nan | nan | nan | 96.55 | 2.3 | 68.45 | 1.51 | 0.98 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 18.9381193047 | 0.0258642493107 | 19.3115663688 | 0.0239512296448 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
3 | 2719699 | 34.438797 | -6.436143 | nan | nan | nan | nan | nan | 19.59 | 1.58 | 19.76 | 1.65 | 0.56 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 20.66991391 | 0.087568310542 | 20.6605326494 | 0.0906611709439 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
4 | 2719626 | 34.441717 | -6.437973 | nan | nan | nan | nan | nan | 115.46 | 2.45 | 80.83 | 1.73 | 0.99 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 18.7439211171 | 0.0230387467665 | 19.131068553 | 0.0232379516792 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
5 | 2719676 | 34.440737 | -6.436373 | nan | nan | nan | nan | nan | 73.72 | 2.13 | 52.41 | 1.41 | 1.0 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 19.2310366836 | 0.0313702945759 | 19.6014646007 | 0.0292098463787 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
6 | 2719489 | 34.445617 | -6.442743 | nan | nan | nan | nan | nan | 12.67 | 2.18 | 11.1 | 1.81 | 0.51 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 21.1430584628 | 0.186811754252 | 21.286692553 | 0.177043471226 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
7 | 2719557 | 34.450507 | -6.438063 | nan | nan | nan | nan | nan | 37.0 | 1.81 | 31.82 | 1.76 | 0.79 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 19.9794956898 | 0.0531130413679 | 20.1432495617 | 0.0600532910237 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
8 | 2719447 | 34.455027 | -6.441013 | nan | nan | nan | nan | nan | 36.39 | 2.56 | 35.5 | 2.7 | 0.93 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 19.997544861 | 0.0763804529866 | 20.0244291174 | 0.0825771197985 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |
9 | 2719422 | 34.460637 | -6.440053 | nan | nan | nan | nan | nan | 24.03 | 2.39 | 23.01 | 2.12 | 0.65 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 20.448115573 | 0.107986247581 | 20.4952084533 | 0.10003306189 | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |