{ "cells": [ { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "# GAMA-15 master catalogue\n", "## Preparation of UKIRT Infrared Deep Sky Survey / Large Area Survey (UKIDSS/LAS)\n", "\n", "Information about UKIDSS can be found at http://www.ukidss.org/surveys/surveys.html\n", "\n", "The catalogue comes from `dmu0_UKIDSS-LAS`.\n", "\n", "In the catalogue, we keep:\n", "\n", "- The identifier (it's unique in the catalogue);\n", "- The position;\n", "- The stellarity;\n", "- The magnitude for each band in aperture 3 (2 arcsec).\n", "- The hall magnitude is described as the total magnitude.\n", "\n", "J band magnitudes are available in two eopchs. We take the first arbitrarily.\n", "\n", "The magnitudes are “*Vega like*”. The AB offsets are given by Hewett *et al.* (2016):\n", "\n", "| Band | AB offset |\n", "|------|-----------|\n", "| Y | 0.634 |\n", "| J | 0.938 |\n", "| H | 1.379 |\n", "| K | 1.900 |\n", "\n", "Each source is associated with an epoch. These range between 2005 and 2007. We take 2006 for the epoch." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "This notebook was run with herschelhelp_internal version: \n", "44f1ae0 (Thu Nov 30 18:27:54 2017 +0000)\n" ] } ], "source": [ "from herschelhelp_internal import git_version\n", "print(\"This notebook was run with herschelhelp_internal version: \\n{}\".format(git_version()))" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [], "source": [ "%matplotlib inline\n", "#%config InlineBackend.figure_format = 'svg'\n", "\n", "import matplotlib.pyplot as plt\n", "plt.rc('figure', figsize=(10, 6))\n", "\n", "from collections import OrderedDict\n", "import os\n", "\n", "from astropy import units as u\n", "from astropy.coordinates import SkyCoord\n", "from astropy.table import Column, Table\n", "import numpy as np\n", "\n", "from herschelhelp_internal.flagging import gaia_flag_column\n", "from herschelhelp_internal.masterlist import nb_astcor_diag_plot, remove_duplicates\n", "from herschelhelp_internal.utils import astrometric_correction, mag_to_flux" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [], "source": [ "OUT_DIR = os.environ.get('TMP_DIR', \"./data_tmp\")\n", "try:\n", " os.makedirs(OUT_DIR)\n", "except FileExistsError:\n", " pass\n", "\n", "RA_COL = \"las_ra\"\n", "DEC_COL = \"las_dec\"" ] }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "## I - Column selection" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 4, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [ { "name": "stderr", "output_type": "stream", "text": [ "WARNING: UnitsWarning: 'RADIANS' did not parse as fits unit: At col 0, Unit 'RADIANS' not supported by the FITS standard. [astropy.units.core]\n" ] } ], "source": [ "#Is the following standard (different names for radec vs mag)?\n", "imported_columns = OrderedDict({\n", " 'SOURCEID': 'las_id',\n", " 'RA': 'las_ra',\n", " 'Dec': 'las_dec',\n", " 'YHALLMAG': 'm_ukidss_y',\n", " 'YHALLMAGERR': 'merr_ukidss_y',\n", " 'YAPERMAG3': 'm_ap_ukidss_y',\n", " 'YAPERMAG3ERR': 'merr_ap_ukidss_y',\n", " 'J_1HALLMAG': 'm_ukidss_j',\n", " 'J_1HALLMAGERR': 'merr_ukidss_j',\n", " 'J_1APERMAG3': 'm_ap_ukidss_j',\n", " 'J_1APERMAG3ERR': 'merr_ap_ukidss_j',\n", " 'HAPERMAG3': 'm_ap_ukidss_h',\n", " 'HAPERMAG3ERR': 'merr_ap_ukidss_h',\n", " 'HHALLMAG': 'm_ukidss_h',\n", " 'HHALLMAGERR': 'merr_ukidss_h',\n", " 'KAPERMAG3': 'm_ap_ukidss_k',\n", " 'KAPERMAG3ERR': 'merr_ap_ukidss_k',\n", " 'KHALLMAG': 'm_ukidss_k',\n", " 'KHALLMAGERR': 'merr_ukidss_k',\n", " 'PSTAR': 'las_stellarity'\n", " })\n", "\n", "catalogue = Table.read(\n", " \"../../dmu0/dmu0_UKIDSS-LAS/data/UKIDSS-LAS_GAMA-15.fits\")[list(imported_columns)]\n", "for column in imported_columns:\n", " catalogue[column].name = imported_columns[column]\n", "\n", "#Epochs between 2005 and 2007. Rough average:\n", "epoch = 2006\n", "\n", "# Clean table metadata\n", "catalogue.meta = None" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 5, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [ { "name": "stderr", "output_type": "stream", "text": [ "/opt/anaconda3/envs/herschelhelp_internal/lib/python3.6/site-packages/astropy/table/column.py:1096: MaskedArrayFutureWarning: setting an item on a masked array which has a shared mask will not copy the mask and also change the original mask array in the future.\n", "Check the NumPy 1.11 release notes for more information.\n", " ma.MaskedArray.__setitem__(self, index, value)\n" ] } ], "source": [ "# Adding flux and band-flag columns\n", "for col in catalogue.colnames:\n", " if col.startswith('m_'):\n", " \n", " errcol = \"merr{}\".format(col[1:])\n", " \n", " # LAS uses a huge negative number for missing values\n", " catalogue[col][catalogue[col] < -100] = np.nan\n", " catalogue[errcol][catalogue[errcol] < -100] = np.nan \n", "\n", " # Vega to AB correction\n", " if col.endswith('y'):\n", " catalogue[col] += 0.634\n", " elif col.endswith('j'):\n", " catalogue[col] += 0.938\n", " elif col.endswith('h'):\n", " catalogue[col] += 1.379\n", " elif col.endswith('k'):\n", " catalogue[col] += 1.900\n", " else:\n", " print(\"{} column has wrong band...\".format(col))\n", " \n", " flux, error = mag_to_flux(np.array(catalogue[col]), np.array(catalogue[errcol]))\n", " \n", " # Fluxes are added in µJy\n", " catalogue.add_column(Column(flux * 1.e6, name=\"f{}\".format(col[1:])))\n", " catalogue.add_column(Column(error * 1.e6, name=\"f{}\".format(errcol[1:])))\n", " \n", " # Band-flag column\n", " if \"ap\" not in col:\n", " catalogue.add_column(Column(np.zeros(len(catalogue), dtype=bool), name=\"flag{}\".format(col[1:])))\n", " \n", "# TODO: Set to True the flag columns for fluxes that should not be used for SED fitting." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 6, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "<Table masked=True length=10>\n", "
idx | las_id | las_ra | las_dec | m_ukidss_y | merr_ukidss_y | m_ap_ukidss_y | merr_ap_ukidss_y | m_ukidss_j | merr_ukidss_j | m_ap_ukidss_j | merr_ap_ukidss_j | m_ap_ukidss_h | merr_ap_ukidss_h | m_ukidss_h | merr_ukidss_h | m_ap_ukidss_k | merr_ap_ukidss_k | m_ukidss_k | merr_ukidss_k | las_stellarity | f_ukidss_y | ferr_ukidss_y | flag_ukidss_y | f_ap_ukidss_y | ferr_ap_ukidss_y | f_ukidss_j | ferr_ukidss_j | flag_ukidss_j | f_ap_ukidss_j | ferr_ap_ukidss_j | f_ap_ukidss_h | ferr_ap_ukidss_h | f_ukidss_h | ferr_ukidss_h | flag_ukidss_h | f_ap_ukidss_k | ferr_ap_ukidss_k | f_ukidss_k | ferr_ukidss_k | flag_ukidss_k |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | 433860931989 | 210.828151651 | -0.000720399124165 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 16.7046 | 0.00764056 | 15.8774 | 0.0159975 | nan | nan | nan | nan | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | 755.36 | 5.31563 | 1618.22 | 23.8432 | False | nan | nan | nan | nan | False |
1 | 433860932033 | 211.055883817 | -1.22250062652e-05 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 19.1897 | 0.0920213 | 19.4227 | 0.0933984 | 0.9 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 76.583 | 6.49077 | 61.7883 | 5.31522 | False |
2 | 433860932036 | 211.057362115 | -0.000614968087839 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 18.9826 | 0.0763571 | 16.7648 | 0.0242267 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 92.6766 | 6.51771 | 714.647 | 15.9463 | False |
3 | 433860932037 | 211.057070717 | -0.000360071066638 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 17.801 | 0.0266689 | 17.4055 | 0.0810288 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 275.17 | 6.75899 | 396.086 | 29.56 | False |
4 | 433860932038 | 211.057608576 | -0.000827967156775 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 17.9975 | 0.0316889 | 17.5182 | 0.0519319 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 229.624 | 6.70193 | 357.032 | 17.0772 | False |
5 | 433860932039 | 211.056841576 | -0.00104414835665 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 18.2701 | 0.0403185 | 18.602 | 0.0385579 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 178.632 | 6.63345 | 131.582 | 4.67289 | False |
6 | 433860932040 | 211.056137141 | -0.00122609201088 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 17.9062 | 0.0292421 | 16.7475 | 0.0276575 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 249.752 | 6.72655 | 726.105 | 18.4965 | False |
7 | 433860932041 | 211.05627277 | -0.000665954064997 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 18.4837 | 0.0487506 | 17.7415 | 0.0709296 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 146.732 | 6.5884 | 290.658 | 18.9883 | False |
8 | 433860932042 | 211.057178089 | -0.00146604336658 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 17.7867 | 0.0263536 | 17.9995 | 0.0272975 | 0.05 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | 278.819 | 6.76764 | 229.183 | 5.7621 | False |
9 | 433861303270 | 213.21555745 | -0.000839895452387 | 20.4318 | 0.128898 | 21.1736 | 0.131036 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 0.05 | 24.3936 | 2.89599 | False | 12.3189 | 1.48675 | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | nan | nan | False | nan | nan | nan | nan | False |